O exame da peniscopia é realizado por um médico, que usa uma lente de aumento com o objetivo de identificar lesões cutâneas provocadas pelo HPV classificadas como subclínicas. É usado uma substância que causa uma pigmentação nessas lesões, confirmando a presença das lesões de HPV.
A peniscopia além de procurar essas lesões e diagnosticá-las, permite coletar material para demonstranção do subtipo do virus HPV presente, e também após uma anestesia local a sua exérese e/ou eletrocoagulação (retirada das lesões ou cauterização).
O exame é usualmente indicado em pacientes que apresentam lesões de HPV (verrugas genitais visíveis) e pacientes com parceiras que apresentam sinais do HPV. Se o resultado do exame for positivo, um tratamento específico será orientado para eliminar essas lesões.